Không kể những ngôi chùa tư nho nhỏ ở dưới chân núi bên nhánh phía Tây, năm 2008, Trại Thủy có bốn ngôi chùa lớn, đó là:

Chùa Hải Đức

Chùa Hải Đức ở nhánh phía Tây, trên đỉnh đồi. Chùa do Viên Giác Thiền Sư, pháp danh Đạt Khương, tục danh Tô Văn Danh, quê quán làng Vạn Thạnh (Nha Trang), cho xây dựng & trụ trì từ năm 1847 đến 1883 dưới triều vua Tự Đức (1829-1883) Ban đầu đặt tên là Duyên Sanh Tự, đến năm Thành Thái thứ ba (1891), mới đổi tên là Hải Đức Tự. Trước đây, chùa Hải Đức là cơ sở của Viện Phật học miền Trung và hiện nay tự viện vẫn là một Đại Tòng Lâm đẹp nhất của Khánh Hòa, với nhiều tăng phòng, tịnh thất khá đầy đủ tiện nghi nhằm phục vụ cho tăng chúng khắp nơi tụ về tu học. Phía sau lưng chùa có xây một tiểu đình để treo một Đại Hồng Chung, cao 1,70 mét, đường kính 1,10 mét, nặng 1009 Kg. Trước 1975, có người đề thơ rằng:

Chùa Bửu Phong

Chùa Bửu Phong, còn gọi là Linh Phong, người địa phương thường gọi là Chùa Núi. Chùa cũng ở trên đồi Trại Thủy, nơi đầu nhánh phía Nam, cạnh đường quốc lộ 1A.Chùa này do người Trung Hoa lập, từ đời Hậu Lê. Trong chùa hiện còn một quả Đại Hồng Chung, có khắc tên Bửu Phong Tự và năm chú tạo Tuế Thứ Quý Dậu Niên Tứ Nguyệt Cát Nhật tức là năm Cảnh Hưng thứ 14 (1753).Chùa thờ Quan Thánh tức Quan Vân Trường đời Tam Quốc.Nhiều năm không có người phụng tự, chùa trở thành chùa làng (làng Phước Hải). Làng vẫn thờ ngài Quan Thánh, nhưng gian bên trong thờ thêm Bà Thiên Y A Na.

Chùa Long Sơn

Chùa Long Sơn, trụ sở Tỉnh hội Phật giáo tỉnh Khánh Hòa, còn gọi là Chùa Phật trắng, trước có tên là Đăng Long Tự, tọa lạc ở số 22 đường 23 tháng 10, phường Phương Sơn dưới chân đồi Trại Thủy. Ngôi chùa này được xây dựng cách đây hơn trăm năm, trải qua nhiều lần trùng tu, đến nay đã là một tự viện đẹp đẽ và trang nghiêm nổi tiếng của Khánh Hòa. Mỗi năm chùa Long Sơn tiếp đón hàng chục ngàn lượt du khách đến tham quan và lễ bái.

Chùa Long Sơn do Hòa thượng Thích Ngộ Chí (1856-1935) pháp danh Phổ Trí, lập năm 1886 với tên gọi ban đầu là Đăng Long Tự. Ban đầu chùa chỉ là một căn nhà tranh nằm tại đỉnh đồi Trại Thủy (nơi đặt tượng Phật trắng hiện nay). Năm 1900, chùa bị sập sau một cơn bão, nên nhà sư quyết định dời xuống chân núi và đổi tên chùa thành Long Sơn Tự.

Chùa Lôi Am

Chùa Lôi Am tọa lạc ở phần cuối của đồi Trại Thủy, hướng về phía Đông, nằm phía trước bồn chứa nước thành phố và kim thân Phật Tổ. Chùa Lôi Am do Phật Hội Pháp Hoa Việt Nam xây dựng từng phần vào năm 1966...